Jak se jmenuje a co dělá? O „britské“ mutaci koronaviru

Velká Británie je na konci roku 2020 odříznuta od zbytku světa. Může za to zvýšený výskyt nezvyklé mutace viru SARS-CoV-2. Informací není stále ještě dost na definitivní závěry, ale úřady celé řady zemí, včetně České republiky, se rozhodly nic neriskovat, a spojení s Velkou Británií téměř zcela přerušily.

Jak se nová varianta nazývá?
Nová varianta koronaviru SARS-CoV-2 se označuje jako linie B.1.1.7., případně VUI-202012/01 (to druhé je zkratka anglického výrazu „Variant Under Investigation in December 2020“; 01 na konci znamená, že jde o první takovou sledovanou zajímavou variantu během prosince 2020) .

V čem se nová linie, tedy nová jednoduše řečeno, liší?
Nese si v sobě cca dvě desítky mutací, které se týkají i důležitých „dílů“ viru. Podle analýzy britských dat má varianta 17 charakteristických mutací, podle které ji lze poznat, ale u různých pacientů se mohou objevit nějaké mutace navíc. Nová linie má hned několik mutací v „hrotu“ („spike“), kterým virus využívá při průniku do buněk.

Na virus SARS-CoV-2 je počet změn velmi vysoký. Připomeňme, že je to virus jinak dosti stabilní, který dělá při kopírování vlastního genomu mnohem méně chyb než například HIV a je mnohem méně proměnlivý než sezonní chřipka. Uvádí se (viz například projekt Nextstrain), že u viru SARS-CoV-2 se během jednoho roku změní jedno z tisíce „písmen“ jeho RNA (celkem jich má virus cca 30 tisíc). U chřipky je tempo změny zhruba dvě z tisíce bází za rok, u viru HIV čtyři z tisíce.

Je nová varianta nebezpečnější, nebo šíří se lépe?
Správná odpověď je, že nevíme. V tuto chvíli nic přesvědčivého nenasvědčuje tomu, že by virus způsoboval vážnější průběh nemoci (tj. měl vyšší patogenitu, či jinak řečeno byl virulentnější). A je pravdou, že evoluce míří obecně řečeno opačným směrem: pro patogen je obvykle lepší, když svého hostitele nezabije.

Britská vláda zmiňovala, že by se virus mohl lépe přenášet (tj. že by byl nakažlivější, více infekční), a to o tolik, že rozšíření mutace by mohl znamenat automatické zvýšení reprodukčního čísla R o zhruba půl bodu. Při současném nastavení protiepidemiologických opatření a chování Čechů bychom dnes byli například ve fázi ještě mnohem rychlejšího růstu než během nástupu druhé vlny. V září a říjnu se reprodukční číslo R (počítáno z počtu hospitalizací, tedy měřítka nezávislého na testování) pohybovalo kolem 1,3 až 1,4. V prosinci se zatím pohybuje cca zhruba od 0,9 do 1.

Ale předpoklad o změněných schopnostech nelze spolehlivě doložit. Ano, nákaza se nyní v některých částech Velké Británie šíří lépe než v jiných, ale zda je to opravdu důsledek vyššího zastoupení nové linie VUI-202012/01, či jiných faktorů, třeba toho, že opatření na omezení šíření nemoci byla přijata pozdě, to nelze spolehlivě říci.

V době psaní textu teprve probíhaly v britských laboratořích přípravy na zkoušky, které měly zjistit, zda se nová varianta lépe šíří alespoň mezi zvířaty. 

Může varianta snížit účinnost vakcíny? 
Přesná odpověď je, že v tuto chvíli nevíme. Zároveň se to ovšem nezdá být příliš pravděpodobné. Ano, u nové mutace se sice v několika detailech změnil onen zmíněný hrot, ale to by pro vakcínou “vytrénovaný” imunitní systém neměl být žádný problém.

Ten se učí poznávat patogeny podle mnohem více různých rysů a podobné stále relativně malé změny ve vzhledu SARS-CoV-2 by neměly sílu imunitní reakce příliš ovlivnit. Analogií řečeno, imunita si proti každému viru vytvoří tisíce “zbraní na míru”, ztráta několika či několika desítek z nich tedy obvykle nemá žádný velký vliv na výsledek. Ale právě proto, že celý proces je tak složitý a odpověď imunitního systému tak košatá, neví se to zcela přesně. 

Kdy a kde byla nová varianta zaznamenána?
Varianta byla poprvé zachycena u nakaženého z Kentu 20. září letošního roku, další záchyt byl o den později v Londýně. Byla zachycena v rámci sledování genetického vývoje viru, které je dnes ve vyspělých zemích celkem běžné. Ovšem míra sledování se mezi zeměmi výrazně liší. (Velká Británie například sleduje mnohem více vzorků než ČR i po přepočtu na počet obyvatel.)

Od té doby do 15. prosince bylo ve Velké Británii zaznamenáno 1 623 případů záchytů této varianty. To neznamená, že ji zatím mělo 1 623 pacientů, protože u většiny pacientů se nedělá genetický rozbor viru, který v sobě mají. Nemocných s novou variantou je podstatně více, v některých částech Velké Británie tato varianta začíná převládat.

Na následujícím obrázku je zachycen podíl případů „nového koronaviru“ mezi všemi geneticky analyzovanými (sekvenovanými) vzorky SARS-CoV-2 v Británii.

Británie navíc ke sledování šíření nové varianty viru využívá i jeden v Británii běžně dostupný PCR test na určování infekčnosti, který se používá málokde jinde. Jako řada jiných testů, i tento konkrétní typ PCR testu se zaměřuje na tři (někdy se používají jen dva) velmi krátké úseky z RNA viru. Jeden z úseků je u nové varianty zmutovaný, a test ho tedy nezachytí. Pokud tedy tento konkrétní test má pozitivní výsledek u dvou ze tří sledovaných úseků, nejspíše zachytil infekci tímto novým virem, což ukazuje i tento tweet:

Jinak řečeno, tato konkrétní varianta se šíří ve Velké Británii během celé současné podzimní/zimní vlny infekcí – a zatím nezpůsobila žádný zcela zjevný rozdíl v průběhu britské vlny proti průběhu v jiných zemích. Mutace se šíří i do zahraničí a byla zaznamenána i v dalších zemích, ale zatím jde spíše o ojedinělé případy, například v Dánsku. Na druhou stranu, Velká Británie a Dánsko dělají nejvíce genetických analýz zaznamenaných případů viru, takže do jisté míry může být situace ovlivněna tím. 

Zatím ovšem vše nasvědčuje tomu, že varianta vznikla ve Velké Británii, odkud se šíří. Veřejnost se ovšem o existenci nové mutace dozvěděla především díky prohlášení britského ministra zdravotnictví 14. prosince.

Jak linie B 1.1.7. vznikla? 
Nevíme. V tuto chvíli se předpokládá, že varianta s tolika mutacemi mohla vzniknout v těle pacienta s dlouhodobou infekcí, možná někoho se sníženou imunitní odpovědí. V těle takových pacientů se virus udrží velmi dlouho a má tedy čas postupně mutovat do nových a nových podob, z nichž některé mohou být i pro něj evolučně výhodné. 

Je šíření nové varianty unikát? 
Ne, varianty viru se objevily v rámci pandemie různé. Dobrým příkladem je „varianta“ D614G (u níž došlo k záměně kyseliny asparagové za glycin, a protože tato kyselina se označuje anglickou zkratkou D, zkratka znamená, že „mutace nahrazuje na 614. pozici D (kyselinu asparagovou) za G (tj. glycin)). Ta se v Evropě rychle rozšířila během jarní vlny. V červenci byla varianta 614G přítomna ve většině virů vyskytujících se po celém světě.

Stále více důkazů svědčí o tom, že varianta G (žlutá na následujícím obrázku) zvyšuje infekčnost SARS-CoV-2 in vitro a patrně ji evoluce upřednostnila, protože se lépe přenáší z člověka na člověka. Nikdy to ovšem nebylo prokázáno přímo na lidech či na epidemiologických datech – jde pouze o předpoklad založený na výsledcích viru „ve zkumavce“. A také je možné, že mutace pro virus zároveň není výhodná, protože možná je v jejím důsledku virus citlivější vůči protilátkám našeho imunitního systému.

Nová varianta VUI-202012/01 se může také velmi rychle rozšířit. V tuto chvíli skutečně přibývá jejich záchytů velmi rychle, přímo exponenciálním tempem. Přesto v rámci Velké Británie – a také i v dalších evropských zemích – zatím pořád převládají jiné typy SARS-CoV-2, jak ukazují následující grafy (nová varianta linie B 1.1.7. je na ní zakreslena růžově).

Zastoupení různých variant SARS-CoV-2 v osekvenovaných vzorcích v EU (graf: Emma Hodcroft)

Může být i u nás? 
Zatím rozhodně nebyl zachycen. V Česku podle zprávy Státního zdravotního ústavu nebyla nová varianta zachycena zatím vůbec a převládaly jiné mutace. Ovšem Česká republika sleduje výskyt nových variant viru mnohem méně než právě třeba Velká Británie. „[Britové] uveřejnili 125 tisíc sekvencí z 275 tisíc sekvencí celkem, zhruba polovinu. Česko doposud osekvenovalo 246 vzorků, do Vánoc vložíme dalších 30 až 40 celogenomových sekvencí,“ uvedla pro iDnes.cz Helena Jiřincová ze Státního zdravotního ústavu.

ČTĚTE DÁLE:

4G 5G 5G procesor 5G smartphone 5G smartphony 5G sítě Apple Astra Zeneca Biontech covid covid-19 Dezinformace ericsson hoax huawei iphone konspirace Koronavirus LTE mediatek Moderna Motorola nokia novinka O2 očkování Pfizer pokrytí procesor qualcomm rozvoj samsung sar smartphone snapdragon Specific Absorption Rate statistika t-mobile vakcinace Vakcína vakcína covid vakcína mRNA vodafone xiaomi záření

Sdílejte článek

Napsat komentář

Vaše e-mailová adresa nebude zveřejněna. Vyžadované informace jsou označeny *